Sejarah Desa Pangkahwetan tidak terlepas dari sejarah Masyarakat Ujungpangkah di Kabupaten Gresik. Pangkah merupakan nama desa yang berada di wilayah kecamatan Ujungpangkah, kecamatan paling utara wilayah kabupaten Gresik. Wilayah Pangkah berada di pantai utara Pulau Jawa. Pangkah sejak tempo dulu  mempunyai fungsi yang sangat strategis baik dalam bidang perdagangan, perikanan  maupun dalam bidang keagamaan.

 Pangkah yang dijadikan sebagai nama desa itu merupakan akronim. Kata Pangkah berasal dari kata pang dan Mekkah. Kata pang berasal dari bahasa Jawa yang berarti cabang, sedangkan Mekkah adalah nama kota yang berada di Saudi Arabia. Sejarah Pangkahwetan tidak terlepas dengan sosok Jayeng Katon yang datang pertama kali dan tinggal di Koang, salah satu pedukuan di desa Kebonagung kecamatan Ujungpangkah, situs peninggalan Jayeng Katon di Koang sampai sekarang masih dapat ditemukan yaitu berupa sumur dan pondasi pondoknya Namun, karena merasa kurang cocok untuk perkembangan penyebaran agama Islam ke depan, akhirnya Jayeng Katon berpindah di Pangkah. Di Pangkah Jayeng Katong ditemani adiknya yang bernama Jayeng Rono, juga Pendel Wesi putra pertamanya. Di Pangkah Jayeng Katon mendirikan rumah di tepi pantai. Rumah tinggal Jayeng Katon juga difungsikan sebagai tempat untuk mengajarkan agama Islam. Rumah itu akhirnya dikenal sebagai Pondok Pangkah. Perkembangan Pondok Pangkah sangat pesat sehingga menggugah hati Sunan Bonang ayahanda Jayeng Katon mengutus Kyai Maskiriman untuk mengirimkan kayu jati sebagai bahan pendirian masjid. Berkat kiriman kayu dari Sonan Bonang itu berdirilah sebuah masjid yang dikenal dengan nama Masjid Jamik Pangkah. Kini, masjid itu bernama Masjid  Jamik Ainul Yaqin Ujungpangkah.

Ketika Jayeng Katon datang di Pangkah, Nyai Jika (istri Jayeng Katon) sedang melaksanakan ibadah haji di kota suci Mekkah. Nyai Jika, nama panggilan istri Jayeng Katon, sepulang dari Mekkah atas petunjuk Sunan Bonang mengikuti jejak suaminya ke Pangkah. Nyai Jika adalah putri saudagar kaya raya di kota Mekkah.

Pasangan suami istri Jayeng Katon dan Nyai Jika sama-sama berasal dari keturunan orang-orang Mekkah. Oleh karena itu, keturunan Jayeng Katon dan Nyai Jika disebut orang Pangkah karena keturunan orang Pangkah berasal dari orang dari Mekkah. Berarti orang Pangkah adalah cabang atau pang orang Mekkah.

Sebelum menjadi Desa Pangkahwetan dan Desa Pangkahkulon, Pangkah merupakan satu kesatuan administratif dibawah kepemimpinan petinggi seumur hidup yang bernama H. Syamsul Anam.  Karena luasnya wilayah desa Pangkah, maka Pangkah di pecah menjadi dua desa yaitu Pangkahwetan dan Pangkahkulon.